Sinner non ha superato due test antidoping a marzo, ma è stato scagionato dalle autorità tennistiche e autorizzato a continuare a giocare.
Ma l'Agenzia Mondiale Antidoping (WADA) ha dichiarato sabato di aver presentato un appello, chiedendo una squalifica di due anni.
Djokovic aveva già detto di poter "comprendere i sentimenti di molti giocatori" che si chiedevano se il rango di Sinner lo avesse protetto da un'accusa e da un trattamento più pesante.
Mercoledì, parlando in una conferenza stampa al Masters di Shanghai, l'ex numero uno del mondo ha riconosciuto che deve essere "molto dura" per l'italiano.
"Penso che sia abbastanza ovvio che il nostro sistema non funziona bene. Ci sono troppe incongruenze, troppi organi di governo coinvolti e, insomma, tutto questo caso non aiuta affatto il nostro sport", ha detto il 37enne.
"Qualunque cosa accada alla fine, vorrei solo che si risolvesse il prima possibile".
Le autorità tennistiche hanno accettato la spiegazione di Sinner, secondo cui tracce di uno steroide sono entrate involontariamente nel suo organismo a causa del suo ex fisioterapista, che ha usato uno spray contenente tale sostanza per curare un taglio, e poi ha praticato massaggi e terapia sportiva al giocatore.
L'appello della WADA ha riacceso il caso, e Sinner ha dichiarato di aver passato notti insonni per la questione.
Il ventitreenne ha superato le polemiche vincendo gli US Open e arrivando in finale al China Open, affrontando il numero tre del mondo Carlos Alcaraz.
"È impressionante quello che (Sinner) ha fatto in tutto questo processo, che sta giocando ad un livello così alto", ha detto Djokovic.
Sia Sinner che Alcaraz si recheranno a Shanghai per il Masters, dove insieme a Djokovic sono tra i favoriti.
Il serbo punta al 100° titolo in singolo - che ha definito "una motivazione in più" - ma ha ammesso di avere "un po' di tempo da recuperare" perché non ha giocato molti tornei di recente.
"Spero di poter sfruttare questa freschezza e anche le esperienze passate e i successi ottenuti", ha detto.
Djokovic è quattro volte campione a Shanghai, ma non vi gioca da cinque anni.
Alla domanda su quale fosse il segreto dei suoi precedenti successi, ha riso: "Amo i ravioli e la lingua cinese, credo che questo aiuti!".